种蛋产出后往往容易受到环境和空气中细菌的污染，尤其是平养的鸡舍更易受到产蛋箱内粪便垫料的污染。若不进行消毒，这些细菌大量繁殖并侵入蛋内，不仅影响孵化效果，更严重的是污染孵化器和用具，传染各种疾病。所以，种蛋收集后应马上处理，并在入孵前进行消毒。

鸡舍或蛋库应设立熏蒸消毒柜。种蛋消毒一般分两次进行：第一次在鸡舍内消毒，在蛋产出后30分钟内进行;第二次消毒是入孵前在孵化器内消毒。

另外，还有:
1、新洁尔灭消毒法，用原液5%的溶液，喷洒在种蛋表面即可。
2、氯消毒法，将种蛋侵入含有活性氯1.5%漂白粉溶液中3分钟，取出尽快晾干后装盘即可。
3、碘消毒法，将种蛋置于0.1%的碘溶液中浸泡30-60秒钟，取出晾干后装盘。
4、抗生素溶液消毒法，适合于种蛋入孵前消毒，将种蛋置于38℃温箱中6-8小时后，浸泡在0.05%的土霉素或链霉素溶液中10-15分钟，取出晾干后即可装盘。